Doanh nghiệp bạn vừa nhận được công văn của Cục Thuế về hoạt động thanh tra thuế. Hay đơn giản là bạn muốn tìm hiểu rõ ràng về các hạng mục, nội dung trong cuộc thanh tra thuế mình sắp phải đổi mặt trong tương lai không xa. Thanh tra thuế gồm những gì? Những nội dung chính của cuộc thanh tra và doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?
Để có sự chuẩn bị sẵn sàng, loại bỏ được những rủi ro không đáng có trong hệ thống báo cáo thuế, báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Dưới đây chuyên gia từ KMC sẽ giúp bạn phân tích chi tiết những nội dung của cuộc thanh tra thuế. Đặc biệt là nêu bật những sai phạm phổ biến doanh nghiệp thường gặp phải để chuẩn hóa ngay từ thời điểm này giúp tránh được những rủi ro sai phạm về thuế.
Thanh tra thuế là gì?
Thanh tra thuế là hoạt động của cơ quan thuế nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp, tập trung kiểm tra các nội dung trọng yếu về doanh thu, chi phí, hóa đơn và nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước.
Phân biệt giữa thanh tra thuế và kiểm tra thuế bạn theo dõi chi tiết TẠI ĐÂY!
Thanh tra thuế gồm những gì? 12 Nội dung doanh nghiệp FDI phải chuẩn bị
Theo số liệu công khai từ ngành thuế, trong năm 2024 và 2025, hàng nghìn doanh nghiệp FDI tại các tỉnh trọng điểm phía Nam như Đồng Nai, Bình Dương, Long An, Bà Rịa – Vũng Tàu đã được đưa vào kế hoạch thanh tra theo chuyên đề chuyển giá, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Phần lớn doanh nghiệp Nhật Bản tại Việt Nam đều thuộc nhóm này. Vậy chính xác thanh tra thuế gồm những gì?
Dưới đây là 12 nhóm nội dung mà đoàn thanh tra gần như chắc chắn sẽ yêu cầu. Danh sách này được tổng hợp từ thực tế các cuộc thanh tra tại doanh nghiệp FDI và được sắp xếp theo thứ tự đoàn thường triển khai.
- Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, điều lệ, danh sách thành viên/cổ đông, các lần thay đổi vốn điều lệ.
- Chính sách kế toán và hệ thống tài khoản: Sổ kế toán tổng hợp và chi tiết, phần mềm kế toán, chứng từ mở/khóa sổ, biên bản kiểm kê tài sản cố định và hàng tồn kho.
- Tờ khai thuế và báo cáo tài chính: Tờ khai GTGT, TNDN, thuế thu nhập cá nhân (TNCN), nhà thầu, báo cáo tài chính đã nộp trong kỳ thanh tra.
- Hóa đơn đầu vào – đầu ra: Kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn, đối chiếu hóa đơn mua vào với hàng tồn kho và giá vốn, đặc biệt là hóa đơn từ các nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro.
- Hoàn thuế GTGT: Hồ sơ hoàn thuế, đối chiếu số hoàn với số kê khai, kiểm tra điều kiện hoàn thuế của hàng xuất khẩu, hàng đầu tư.
- Ưu đãi thuế TNDN: Điều kiện hưởng ưu đãi (địa bàn, ngành nghề, dự án đầu tư mới/mở rộng), thời điểm bắt đầu ưu đãi, mức thuế suất áp dụng.
- Giao dịch liên kết (chuyển giá): Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (nếu thuộc diện), so sánh tỷ suất lợi nhuận với các bên độc lập.
- Chi phí được trừ: Tính hợp lý của chi phí quảng cáo, tiếp khách, chi phí lãi vay (đặc biệt là trần lãi vay 30% EBITDA theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP), chi phí trả trước dài hạn.
- Thuế TNCN và lao động: Hợp đồng lao động, bảng lương, quyết toán TNCN, thuế TNCN của chuyên gia nước ngoài, thời gian làm việc tại Việt Nam để xác định cư trú thuế.
- Thuế nhà thầu nước ngoài: Các khoản thanh toán cho nhà cung cấp nước ngoài (phí bản quyền, phí tư vấn, phần mềm, dịch vụ kỹ thuật) và nghĩa vụ thuế nhà thầu tương ứng.
- Thuế xuất nhập khẩu và hải quan: Tờ khai hải quan, mã HS, trị giá tính thuế, các lô hàng gia công, sản xuất xuất khẩu.
- Dòng tiền và giao dịch vốn: Sao kê ngân hàng, giao dịch vay – trả nợ với công ty mẹ, chuyển lợi nhuận về Nhật Bản, các khoản góp vốn, tăng/giảm vốn.
Xem thêm: Bao lâu thanh tra thuế một lần?
Thanh tra thuế gồm những gì? 7 Sai phạm phổ biến nhất bị phát hiện
Dưới đây là 7 nhóm sai phạm được ghi nhận nhiều nhất trong các kết luận thanh tra đối với doanh nghiệp FDI Nhật Bản.
- Sai phạm 1: Chi phí không được trừ: Chi phí tiếp khách, quảng cáo, khuyến mại vượt mức; chi phí không có hóa đơn chứng từ hợp pháp; chi phí trích trước không đúng quy định.
- Sai phạm 2: Lỗi chuyển giá: Giá mua nguyên vật liệu từ công ty mẹ cao hơn giá thị trường; phí bản quyền, phí quản lý trả cho công ty mẹ không tương xứng với giá trị dịch vụ nhận được; tỷ suất lợi nhuận thấp hơn các bên độc lập cùng ngành.
- Sai phạm 3: Ưu đãi thuế không đủ điều kiện: Hưởng ưu đãi sai ngành nghề, sai địa bàn, hoặc xác định sai thời điểm bắt đầu ưu đãi (đặc biệt với dự án mở rộng).
- Sai phạm 4: Hoàn thuế GTGT không đúng: Hoàn thuế cho hàng xuất khẩu nhưng không đủ điều kiện thanh toán qua ngân hàng, hoặc hóa đơn đầu vào không hợp pháp.
- Sai phạm 5: Thuế nhà thầu nước ngoài: Không kê khai, nộp thuế nhà thầu cho các khoản thanh toán phần mềm, phí bản quyền, dịch vụ kỹ thuật từ Nhật Bản.
- Sai phạm 6: Thuế TNCN: Không quyết toán đúng thu nhập của chuyên gia nước ngoài, xác định sai thời điểm cư trú, bỏ sót thu nhập từ các khoản phúc lợi.
- Sai phạm 7: Hóa đơn, chứng từ: Sử dụng hóa đơn của nhà cung cấp đã bỏ địa chỉ kinh doanh, hóa đơn không có hàng hóa thực tế đi kèm.
Điểm chung của các sai phạm này là chúng thường không xuất phát từ gian lận mà từ việc áp dụng sai quy định, thiếu cập nhật thông tư mới, hoặc do bộ phận kế toán tại Việt Nam và công ty mẹ tại Nhật hiểu khác nhau về cùng một giao dịch. Đây là lý do vì sao việc rà soát nội bộ trước thanh tra quan trọng hơn việc “đối phó” khi đoàn đã đến.
Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp khi bị thanh tra thuế
Hiểu rõ thanh tra thuế gồm những gì doanh nghiệp còn cần nắm rõ về quyền lợi và nghĩa vụ của mình trước những cuộc thanh tra thuế. Dưới đây là quy định chi tiết của pháp luật với vấn đề này.
Quyền lợi của doanh nghiệp
Theo quy định pháp luật hiện hành, doanh nghiệp có các quyền cơ bản sau:
- Được thông báo trước về quyết định thanh tra, thời gian, thành phần đoàn và nội dung thanh tra.
- Được giải trình, cung cấp thông tin, tài liệu để làm rõ vấn đề mà đoàn thanh tra nêu ra.
- Được yêu cầu đoàn thanh tra xuất trình thẻ thanh tra viên và quyết định thanh tra.
- Được khiếu nại kết luận thanh tra nếu cho rằng kết luận không đúng căn cứ pháp lý.
- Được từ chối cung cấp thông tin không liên quan đến nội dung thanh tra.
Nghĩa vụ của doanh nghiệp
Về nghĩa vụ, doanh nghiệp cần:
- Cung cấp đầy đủ, trung thực hồ sơ theo yêu cầu
- Bố trí người đại diện có thẩm quyền làm việc với đoàn thanh tra
- Chấp hành kết luận thanh tra và nộp đủ tiền thuế, tiền phạt (nếu có) đúng thời hạn
Việc chuẩn bị tốt cả về hồ sơ lẫn pháp lý sẽ giúp doanh nghiệp chủ động giải trình, hạn chế rủi ro thay vì bị động chạy theo yêu cầu.
Thứ tự thanh tra từng loại thuế: Doanh nghiệp cần biết để không bị động
Giải đáp sâu hơn cho câu hỏi thanh tra thuế gồm những gì, chúng ta hãy đi sâu vào quy trình làm việc mà ở đây là quy trình các bước soát xét từng loại thuế.
Trong thực tế, đoàn thanh tra thường không kiểm tra tất cả các loại thuế cùng lúc mà đi theo trình tự nhất định. Nắm được trình tự làm việc của đội ngũ thanh tranh, doanh nghiệp sẽ phân bổ nguồn lực và có sự chuẩn bị hợp lý.
- Giai đoạn 1: Công bố quyết định và làm việc tổng quan: Đoàn thanh tra công bố quyết định, nghe doanh nghiệp báo cáo tình hình sản xuất kinh doanh và tuân thủ thuế.
- Giai đoạn 2: Kiểm tra hồ sơ pháp lý và sổ sách: Tập trung vào hệ thống kế toán, chứng từ, hóa đơn.
- Giai đoạn 3: Kiểm tra thuế GTGT: Đối chiếu đầu vào – đầu ra, hoàn thuế, hàng xuất khẩu.
- Giai đoạn 4: Kiểm tra thuế TNDN và ưu đãi: Soát chi phí, doanh thu, ưu đãi, giao dịch liên kết.
- Giai đoạn 5: Kiểm tra thuế TNCN và nhà thầu: Soát lao động, chuyên gia nước ngoài, thanh toán nước ngoài.
- Giai đoạn 6: Lập biên bản và kết luận: Đoàn thanh tra tổng hợp, doanh nghiệp có quyền giải trình bổ sung trước khi biên bản được ký.
Điểm mấu chốt nằm ở giai đoạn 6, đây là “cửa sổ” cuối cùng để doanh nghiệp giải trình và giảm thiểu số thuế truy thu. Rất nhiều doanh nghiệp FDI Nhật Bản đã để mất cơ hội này vì không chuẩn bị tài liệu giải trình từ trước.
Khi nào doanh nghiệp FDI Nhật Bản có nguy cơ bị thanh tra cao?
Bên cạnh thanh tra định kỳ 3 – 5 năm một lần, doanh nghiệp FDI có thể đối mặt với những cuộc thanh tra đột xuất nếu tồn đọng một trong số những vấn đề sau:
- Doanh nghiệp có nhiều năm lỗ liên tiếp nhưng vẫn mở rộng sản xuất hoặc tăng vốn.
- Có giao dịch liên kết lớn với công ty mẹ ở nước ngoài, đặc biệt là giao dịch phí bản quyền, phí quản lý.
- Phát sinh hoàn thuế GTGT lớn, nhiều kỳ liên tục.
- Vừa thay đổi ngành nghề kinh doanh hoặc vừa hưởng ưu đãi thuế TNDN.
- Nằm trong chuyên đề thanh tra của Tổng cục Thuế trong năm (ví dụ chuyên đề chuyển giá, chuyên đề hoàn thuế).
- Có dấu hiệu bất thường trong quan hệ với nhà cung cấp bị cơ quan thuế cảnh báo rủi ro.
Chuẩn bị gì để cuộc thanh tra không trở thành khủng hoảng?
Để có sự chuẩn bị đầy đủ và luôn sẵn sàng trước các cuộc thanh tra thuế, hạn chế được những rủi ro sai phạm, doanh nghiệp FDI Nhật Bản nên:
- Rà soát nội bộ trước 3–6 tháng: Tự đối chiếu hồ sơ theo 12 nhóm nội dung ở trên, đặc biệt là giao dịch liên kết và ưu đãi thuế.
- Chuẩn bị bộ hồ sơ giải trình song ngữ: Với doanh nghiệp Nhật Bản, việc có sẵn giải trình bằng cả tiếng Việt và tiếng Nhật giúp trao đổi với đoàn nhanh hơn và tránh hiểu sai.
- Xác định rõ người đại diện làm việc với đoàn: Nên là người nắm cả nghiệp vụ kế toán và có thẩm quyền quyết định, tránh tình trạng “mỗi người trả lời một kiểu”.
Với doanh nghiệp FDI, đặc biệt là doanh nghiệp Nhật Bản, các cuộc thanh tra thuế thường đi kèm với rủi ro kép vừa bị truy thu thuế, vừa bị ảnh hưởng đến uy tín với công ty mẹ và đối tác. Việc chuẩn bị bài bản không chỉ giúp giảm thiểu số tiền truy thu mà còn bảo vệ vị thế của ban điều hành tại Việt Nam trong mắt hội đồng quản trị.
KMC – Tư vấn, cung cấp giải pháp thuế – kế toán chuyên sâu cho doanh nghiệp FDI
Trên đây KMC đã giúp bạn giải đáp chi tiết toàn diện thanh tra thuế gồm những gì và làm thế nào để doanh nghiệp luôn chủ động trước những cuộc thanh tra thuế!
Là nhà quản trị của doanh nghiệp điều quan trọng hàng đầu vẫn luôn là một chiến lược nhìn xa, nhìn rộng và chuẩn bị kỹ càng trước mọi tình huống đặc biệt là những cuộc thanh tra, kiểm tra.
Vậy nên nếu như bạn đang cần rà soát, chuẩn hóa lại hệ thống thuế – kế toán của doanh nghiệp để phát hiện ngay sai phạm (nếu có). Hoặc bạn cần một đội ngũ chuyên nghiệp để đồng hành rà soát hồ sơ, xây dựng kịch bản giải trình và đại diện làm việc với cơ quan thuế. Hãy liên hệ ngay KMC – công ty chuyên tư vấn, cung cấp giải pháp thuế kế toán chuyên sâu cho doanh nghiệp FDI, đặc biệt là doanh nghiệp FDI Nhật Bản tại Việt Nam.
Với kinh nghiệm thực chiến hỗ trợ hàng trăm doanh nghiệp Nhật Bản vượt qua các cuộc thanh tra thuế quy mô lớn. Chúng tôi có đầy đủ kinh nghiệm chuyên môn và kinh nghiệm thực tiễn để tư vấn, hướng dẫn, cung cấp giải pháp tối ưu trong từng doanh nghiệp.
Xem thêm: Dịch vụ soát xét thuế chuyên sâu tại KMC!
Nhận tư vấn hỗ trợ ngay từ chuyên gia bạn hãy liên hệ tới hotline: +84814894789.
