Khi mới vào thị trường trong nước, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài có thể gặp khó khăn trong việc tuân thủ pháp luật thuế Việt Nam vì hệ thống thuế với những quy định phức tạp, thường xuyên thay đổi khác với trụ sở chính ở nước ngoài. Trong bài viết này, KMC sẽ hướng dẫn bạn từng bước đăng ký thuế doanh nghiệp tư nhân để doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài của bạn có thể vận hành trơn tru, không gặp rủi ro.
Quy trình đăng ký thuế doanh nghiệp tư nhân ban đầu cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài mới thành lập
Hai con đường đăng ký thuế cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài
Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp tư nhân có vốn đầu tư nước ngoài có 2 phương án để đăng ký thuế lần đầu:
Phương án 1: Đăng ký thuế “một cửa” cùng với đăng ký doanh nghiệp (Áp dụng cho đa số doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài)
Cơ chế này khá đơn giản. Bởi khi bạn nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh tại Sở Tài Chính, thông tin đăng ký thuế sẽ được tự động chuyển tiếp sang cơ quan thuế. Nhờ vậy, doanh nghiệp tiết kiệm được khá nhiều thời gian và công sức vì chỉ cần làm thủ tục một lần, tại một cơ quan.
Những gì bạn cần làm là điền đầy đủ Mục 11 – Thông tin đăng ký thuế trong Giấy đề nghị đăng ký doanh nghiệp.
Phương án 2: Đăng ký thuế trực tiếp tại Cơ quan thuế (Áp dụng cho các trường hợp đặc biệt)
Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài phải đăng ký trực tiếp nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
- Hoạt động trong các lĩnh vực bảo hiểm, kế toán, kiểm toán, luật sư, công chứng hoặc các ngành chuyên môn khác không đăng ký qua Sở Tài Chính.
- Có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay cho đối tác nước ngoài (nhà thầu, nhà cung cấp dịch vụ từ nước ngoài).
- Tham gia hợp đồng dầu khí hoặc các dự án đặc thù theo quy định của Chính phủ.
Chuẩn bị hồ sơ đăng ký thuế

chuẩn bị hồ sơ đăng ký thuế doanh nghiệp tư nhân
Tùy theo phương án đăng ký, hồ sơ sẽ khác nhau:
Đối với đăng ký “một cửa”
Doanh nghiệp sẽ nộp toàn bộ hồ sơ đăng ký doanh nghiệp tại Phòng Đăng ký kinh doanh. Trọng tâm là đảm bảo điền chính xác Mục 11 trong giấy đề nghị đăng ký doanh nghiệp. Nó bao gồm:
- Thông tin về vốn điều lệ, ngành nghề kinh doanh
- Dự kiến doanh thu năm đầu tiên
- Số lượng lao động dự kiến
- Phương pháp tính thuế GTGT dự kiến áp dụng
Đối với đăng ký trực tiếp tại Cơ quan thuế
Hồ sơ cơ bản bao gồm:
- Tờ khai đăng ký thuế (Mẫu 01-ĐK-TCT)
- Bản sao có công chứng Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp
- Các mẫu biểu kê khai bổ sung (nếu có): BK01 đến BK05 tùy trường hợp
- Sau khi chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, bạn hãy nộp tại Cục Thuế tỉnh/thành phố nơi đặt trụ sở chính.
Lưu ý cho doanh nghiệp Nhật: Bạn nên chuẩn bị bản dịch tiếng Việt có công chứng của các giấy tờ gốc bằng tiếng của công ty mẹ như tiếng Nhật (nếu có).
Thời hạn

thời hạn
Đối với đăng ký “một cửa”
Thời hạn được tính theo quy trình đăng ký doanh nghiệp. Tuy nhiên, sau khi nhận GPKD, doanh nghiệp vẫn cần theo dõi việc cấp mã số thuế.
Đối với đăng ký trực tiếp
Chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày:
- Được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp
- Hoặc bắt đầu phát sinh nghĩa vụ khấu trừ thuế thay
Nếu chậm trễ, bạn có thể bị phạt hành chính từ 2,000,000 – 25,000,000 VNĐ tùy mức độ vi phạm, đồng thời không thể mở tài khoản ngân hàng, phát hành hóa đơn hoặc tuyển dụng lao động chính thức.
Quy trình 5 bước thực tế cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài
Bước 1: Xác định phương án đăng ký (trong vòng 2 ngày sau khi có GPKD)
Để xác định phương án đăng ký, bạn cần rà soát ngành nghề và mô hình kinh doanh. Sau đó, hãy xác định xem bản thân có thuộc diện đăng ký trực tiếp hay không.
Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ (3 ngày)
- Hoàn thiện các mẫu tờ khai theo quy định
- Công chứng, dịch thuật các giấy tờ cần thiết
- Đăng ký chữ ký số (Token) để thực hiện thuế điện tử
Bước 3: Nộp hồ sơ (1 ngày)

nộp hồ sơ
- Nộp trực tiếp tại cơ quan có thẩm quyền
- Hoặc nộp qua cổng dịch vụ công trực tuyến
Bước 4: Theo dõi và nhận kết quả (3 ngày làm việc)
- Theo dõi tình trạng hồ sơ qua mã hồ sơ
- Nhận thông báo mã số thuế từ cơ quan thuế
Bước 5: Các thủ tục sau khi có mã số thuế (5 ngày tiếp theo)
- Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (bắt buộc)
- Đăng ký phương pháp tính thuế GTGT, TNDN
- Đăng ký tài khoản ngân hàng công ty
- Khai và nộp lệ phí môn bài (nếu không thuộc diện miễn)
Lưu ý cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài Nhật
Vấn đề ngôn ngữ và văn hóa
Bạn nên tìm kiếm nhân sự hoặc đối tác dịch vụ thông thạo cả tiếng Nhật và thuật ngữ thuế Việt Nam như KMC. Chúng tôi không chỉ có gần 20 năm kinh nghiệm tư vấn cho hàng trăm doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài Nhật mà còn có các chuyên gia giỏi chuyên môn, am hiểu pháp luật và yêu cầu trong nước. Do đó, chúng tôi hiểu sự khác biệt trong cách tiếp cận “tuân thủ” giữa hai nước.
Chọn đúng phương pháp tính thuế ngay từ đầu
Phương pháp khấu trừ thuế GTGT phù hợp với doanh nghiệp có quy mô lớn, có hệ thống kế toán doanh nghiệp. Trong khi đó, phương pháp trực tiếp đơn giản hơn cho doanh nghiệp nhỏ mới thành lập.
Lưu ý: Bạn nên tham vấn chuyên gia trước khi quyết định vì thay đổi sau này rất phức tạp.
Tuân thủ thuế doanh nghiệp tư nhân tại Việt Nam không chỉ dừng lại ở việc hoàn thành các thủ tục đăng ký ban đầu. Đó là một hành trình dài từ những bước đi đầu tiên để xác định phương án đăng ký và chuẩn bị hồ sơ đến việc duy trì kê khai thuế định kỳ hàng tháng/quý. Để đảm bảo, bạn có thể sử dụng dịch vụ tư vấn thuế của KMC. Chúng tôi sẽ giúp bạn:
- Tránh các rủi ro pháp lý và chi phí phạt không đáng có
- Tận dụng tối đa các ưu đãi thuế theo Hiệp định Việt Nam – Nhật Bản
- Còn doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài của bạn có thể tập trung nguồn lực và thời gian cho hoạt động kinh doanh cốt lõi.
Xem thêm: Quy trình xử lý vi phạm hành chính: bí quyết ứng phó hiệu quả cho doanh nghiệp FDI